【源码】基于C++和CMake的生物仿真模拟系统

项目简介

本项目是基于C++和CMake构建的生物进化仿真模拟系统，主要用于模拟生物进化过程，尤其是宿主和病原体之间的相互作用。程序通过读取配置文件设置模拟参数与条件，按设定步骤开展模拟演化，并记录相关数据。

项目的主要特性和功能

1. 配置文件读取：可读取如config.json的配置文件，设置模拟环境参数。
2. 模拟环境初始化：依据配置文件参数，初始化宿主和病原体的基因池、种群等模拟环境。
3. 感染模拟：根据宿主和病原体基因型相似度，模拟病原体对宿主的感染过程。
4. 繁殖模拟：模拟宿主和病原体的繁殖，包含基于适应度和随机繁殖两种方式。
5. 突变模拟：模拟宿主和病原体的基因突变。
6. 数据写入：将模拟中的数据，如宿主和病原体的种群结构、基因型、表型等，写入指定的CSV文件。
7. 清理机制：模拟结束后，清理未使用的基因和变异体，释放内存。
8. 多模式支持：支持标准模式、燃烧模式（不进行感染，仅进行突变和繁殖）和无共进化模式（仅进行感染和繁殖）。

安装使用步骤

1. 确保已下载本项目源码文件

2. 安装依赖

确保系统安装以下工具和库： - cmake：版本至少为3.15。 - gcc：推荐使用10.3.0版本，较低版本可能也适用。 Windows系统推荐使用WSL（Windows Subsystem for Linux）运行和编译代码。

3. 生成构建文件

进入源代码目录，运行命令： bash cmake -S . -B ./build -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release 此命令会在当前目录生成构建文件，输出文件存于./build目录。

4. 编译源代码

进入./build目录，运行命令： bash cmake --build . 编译完成后，./build目录会生成可执行文件perftest_cpp。

5. 运行模拟

运行生成的可执行文件开始模拟： bash ./perftest_cpp 默认使用当前目录的config.json作为配置文件，若需指定其他配置文件，使用命令： bash ./perftest_cpp <path-to-your-config>

6. 查看输出

模拟结束后，输出文件保存在./output目录。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】