【源码】基于C++框架的遗传距离数据处理和聚类系统

项目简介

本项目是基于C++框架的遗传距离数据处理和聚类系统，主要用于处理和分析生物信息学中的遗传距离数据。系统可计算序列间的距离、去除冗余序列、执行遗传距离聚类等操作，适用于16S rRNA测序数据的分析和处理。项目包含多个模块，负责处理遗传距离数据的特定部分，如计算欧几里得距离、K - mer距离、遗传距离等，并提供基于这些距离信息的聚类分析功能。

项目的主要特性和功能

1. 数据读取和预处理：支持读取FASTA或FASTQ格式的测序数据，可进行去除重复序列、删除特定长度序列、去除含特定引物序列等预处理操作。
2. 距离计算：提供欧几里得距离、K - mer距离和遗传距离等多种计算方法，支持CPU或GPU并行计算以提升效率。
3. 聚类分析：基于遗传距离数据进行聚类，支持单链接聚类、平均链接聚类等算法，能输出每个距离阈值下的聚类信息。
4. 结果输出：可将处理结果和聚类信息输出到文件，便于后续分析和可视化。
5. 命令行参数支持：提供命令行参数选项，允许用户指定输入文件、输出文件、文件格式、距离阈值等参数。

安装使用步骤

1. 环境配置：确保已安装C++编译器和相关依赖库，如OpenMP和CUDA（若使用GPU计算）。
2. 编译：使用C++编译器编译已下载的源码文件，生成可执行文件。
3. 运行程序：在命令行中运行可执行文件，并提供必要的输入参数，如输入文件、输出文件、距离阈值等。
4. 结果查看：程序运行完毕后，在指定的输出文件中查看处理结果和聚类信息。

注意：因项目代码量较大且包含多个文件和模块，具体使用方法和实现细节可参考每个文件的总结部分和代码实现。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】