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项目简介
MinimapM 是基于多级别并行处理的长读序列比对工具，它以 Minmap2 算法为基础，借助多个计算节点的计算能力，在不牺牲灵敏度的前提下，显著提升了比对速度。在 64 个节点上测试，实现了 40 倍的速度提升和 62.5% 的并行效率。
项目的主要特性和功能
- 并行处理：运用 MPI（消息传递接口）达成多节点并行处理，大幅提高比对速度。
- 高效算法：基于 Minmap2 算法，在保证高灵敏度的同时，实现高效的序列比对。
- 广泛的适用性：可用于多种生物信息学应用，如基因组比对、长读序列比对等。
- 灵活的参数设置：支持种子大小、比对模式等多种参数设置，满足不同需求。
- Python 接口：提供 Python 接口，便于用户通过 Python 调用 MinimapM 进行序列比对。
安装使用步骤
1. 依赖安装
- C 语言版本：需安装 C 编译器（如 GCC）和 MPI 库（如 OpenMPI）。
- Python 版本：需安装 Python（建议 Python 3）和相应依赖库。
2. 编译安装
- C 语言版本：
sh cd minimapM && make - Python 版本：通过
python setup.py install命令安装 Python 扩展模块。
3. 使用
- C 语言版本：
sh mpirun -n 2 ./minimap2 -a -t 1 --fileprefix=./output/fileprefix_ test/MT-human.fa test/MT-orang.fa其中： -n指定节点数。-t指定线程数。-
--fileprefix指定输出文件的前缀名，输出文件位于output目录中。 -
Python 版本：
python import minimap2 minimap2.align("ref.fa", "query.fa")
4. 参数说明
具体的参数设置和用法，请参考 MinimapM 的文档或帮助信息。
5. 注意事项
- 使用 MinimapM 时，确保输入文件格式正确，并根据实际需求调整参数设置。
- 处理大规模数据时，建议使用并行处理以提高效率。
下载地址
点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】