【源码】基于VCAKE算法的二代测序基因组小序列拼接软件

项目简介

MyAssembler是一款基于VCAKE算法的二代测序基因组小序列拼接软件。由四川大学学生团队开发，融合计算机科学、生物学、数学和物理学专业知识，通过高效算法和跨平台支持，实现基因组序列的快速拼接，提供全平台一致且可视化操作的解决方案。

项目的主要特性和功能

1. 跨平台支持：可在Windows、Linux和macOS系统运行，保证不同操作系统上的一致性。
2. 可视化操作：具备图形用户界面（GUI），方便用户操作与查看结果。
3. 高效算法：采用VCAKE算法，较传统的OLC算法，有更高准确性和辅助纠错能力。
4. 多线程处理：支持多线程处理，提升序列拼接效率。
5. 灵活的参数配置：用户能通过命令行或图形界面灵活配置拼接参数，如Kmer长度、投票比率等。
6. 日志记录：支持详细日志记录，便于用户追踪程序运行情况和调试。

安装使用步骤

假设用户已经下载了本项目的源码文件。 1. 安装依赖： - 确保系统中安装了CMake（版本 >= 3.8）。 - 若要进行图形界面运行，需确保系统中安装了Java运行环境。 2. 安装程序： - Windows用户：双击运行根目录下的install.bat脚本。 - Linux和macOS用户：在根目录中打开命令行，执行sudo sh install.sh。 3. 运行程序： - 命令行运行：在bin目录中执行可执行文件，如MyAssembler -f test_R2.fasta -r test_R1.fasta -s seed.fasta -t 5 -c 0.6 -e 0 -k 39。 - 图形界面运行：在具有Java运行环境的设备上运行MyAssembler/src/java/src/main/java/com/example/realui路径下的Main.java文件。 4. 配置参数：根据需求调整命令行参数或图形界面中的设置。 5. 查看输出：程序运行后，将在指定路径生成拼接完成的contig序列文件和统计文件。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】